Caracterización de la función del RNA largo no codificante LNCTATA sobre sus genes aledaños

Abstract

Los RNAs largos no codificantes (lncRNA) se han descrito como RNAs que no codifican a proteínas, que presentan función reguladora sobre otros genes, una de sus funciones es regular la expresión por medio de la interacción con proteínas, ya sea reclutando complejos remodelares de la cromatina, secuestrando la maquinaria de inicio de la transcripción, etc. En la planta modelo Arabidopsis thaliana se encontró un lncRNA codificado entre dos genes, este lncRNA tiene una alta expresión en condiciones de estrés, similar a sus genes aledaños en determinadas condiciones de crecimiento, debido a su ubicación en el genoma se nombró como LNCTATA. Para la caracterización de su función se ensayaron diversos experimentos utilizando plantas que presentaban diferentes estrategias de silenciamiento del LNCTATA como una línea de inserción (T-DNA), una línea de RNA de interferencia (Ri) y una línea con un micro RNA artificial (amiR), en donde las tres líneas (T-DNA, Ri y amiR) presentaron mayor acumulación de los transcritos sus genes aledaños, así como un efecto en el desarrollo. Estos resultados sugieren que LNCTATA tiene una regulación negativa sobre su loci, abriendo una amplia posibilidad de su mecanismo de acción.

Long non-coding RNAs (lncRNAs) have been described as RNAs that do not code for proteins with regulatory function on other genes. One of their functions is the gene expression regulation through the interaction with proteins, for instance, lncRNAs can recruit chromatin remodeling complexes, sequestering components from the transcription initiation machinery. In the plant model, Arabidopsis thaliana, a lncRNA was found encoded between two genes E3-RING-U and TBP2. This lncRNA has high expression levels under stress conditions which is like its neighbor genes and under certain growth conditions; therefore it was named as LNCTATA. To characterize its function several experiments were performed using different strategies for silencing LNCTATA such as an insertion line (T-DNA), an interference RNA line (Ri) and an artificial microRNA encoded line (amiR). The three different lines showed a higher accumulation of TBP2 and E3-RING-U transcripts suggesting the participation of LNCTATA on the regulation of the expression of these genes. Moreover, these plants showed a significant decrease of the foliar area besides having a lower number of serrations on the leaf margin which may indicate a deregulation in leaf development. These results together, suggest that LNCTATA participates as a regulator of TBP2 and E3-RING-U expression and its absence triggers a deregulation of some genes involved in leaf development of Arabidopsis thaliana affecting the plant growth.