https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/2771 Thu, 03 Sep 2026 13:42:16 GMT 2026-09-03T13:42:16Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx:443/xmlui/bitstream/id/645d6477-e7cc-4ad2-91ed-b1f9d5357663/ https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/2771 https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10076 Analysis of pathogenic variants in retinoblastoma Peña Balderas, Ana María Antecedentes. La proteína RB codificada por el gen RB1, es un supresor tumoral que regula el ciclo celular. Las mutaciones en RB1 se asocian con diversos tipos de cáncer, de hecho, fue el primer gen supresor tumoral relacionado con el desarrollo de retinoblastoma. Este tipo de cáncer es una neoplasia maligna ocular pediátrica que se origina en la retina. En 1971 Knudson propuso la hipótesis de los dos golpes, la cual establece que se requieren dos eventos mutacionales para iniciar la progresión tumoral, ya sea de manera esporádica o hereditaria. Objetivo Caracterizar las mutaciones puntuales del gen RB1 asociadas con el retinoblastoma, contribuyendo así a la comprensión de los mecanismos moleculares que subyacen al desarrollo de la enfermedad. Métodos. Se analizaron cuatro mutaciones puntuales en el gen RB1 asociadas con retinoblastoma: una mutación sinónima (pA14A), dos mutaciones con cambio de sentido (pN328H y pD718N) y una mutación con codón de terminación prematuro (R552*), con el objetivo de caracterizar sus efectos celulares y moleculares. Se evaluaron los niveles de expresión de ARNm y proteína, así como la proliferación, viabilidad, localización subcelular y migración celular utilizando una línea celular RBKO. Resultados. Todas las mutantes se expresaron tanto a nivel de ARNm como de proteína. En cuanto a la localización subcelular la mutante pN328H se restringió al núcleo, mientras que pA14A, pR552* y pD718N se localizaron tanto en el núcleo como en el citoplasma. Los ensayos comparativos de viabilidad, proliferación y migración entre todas las variantes y la proteína RB de tipo silvestre mostraron alteraciones significativas, particularmente la mutante pR552*, la cual presento cambios mas notorios. Se generó una construcción de pR552* sin la etiqueta HA y tras su transfección estable, se confirmó que los efectos observados no dependían de dicha etiqueta. De manera destacada, la coexpresion de pR552* y RB silvestre demostró que la mutante pR552* por si sola es suficiente para mantener el fenotipo mutante. Conclusiones. Nuestros resultados sugieren que la mutante pR552* presenta características de ganancia de función, ya que no solo pierde su función supresora característica, sino que además adquiere propiedades que alteran el comportamiento celular.; Background. The RB protein encoded by the RB1 gene is a tumor suppressor that regulates the cell cycle. Mutations in RB1 are associated with several types of cancer; indeed, it was named after the first tumor suppressor linked to the development of retinoblastoma. This type of cancer is a pediatric ocular malignancy that originates from the retina. In 1971, Knudson proposed his two-hit hypothesis, which states that two mutational events are required to initiate tumor progression, sporadically or hereditarily. Aims. To characterize point mutations in the RB1 gene associated with retinoblastoma, thereby contributing to the understanding of the molecular mechanisms underlying disease development. Methods. We analyzed four-point mutations in retinoblastoma, one synonymous mutation (pA14A), two missense mutations (pN328H and pD718N), and one with an early termination codon (pR552*), to characterize their cellular and molecular effects. We studied their mRNA and protein expression levels, proliferation, viability, localization, and migration using an RBKO cell line. Results. All mutants were expressed at the mRNA and protein levels. Regarding the subcellular localization of the mutants, pN328H was restricted to the nucleus, while pA14A, pR552*, and pD718N were present in both the nucleus and cytoplasm. The assays comparing the viability, proliferation, and migration of all variants versus wild-type RB showed significant alterations, particularly in mutant pR552*, which showed remarkable changes. The construct pR552* lacking the HA tag was generated. Once stably transfected, it was confirmed that the observed effects did not depend on the tag. Remarkably, the co-expression of both pR552* and wild-type RB showed that the pR552* mutant alone is sufficient to maintain the mutant phenotype. Conclusions. Our results suggest that the pR552* mutant exhibits gain-of-function (GOF) characteristics, as it not only loses its typical suppression function but also generates effects that alter cellular behavior. Wed, 02 Sep 2026 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10076 2026-09-02T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10071 Studies of π + → e + + invisible topologies in the NA62 experiment Briano Olvera, Alejandro A search for Heavy Neutral Leptons (HNL) in the decay π+ → e+N is presented using the data set collected by the NA62 experiment in the period 2017-2024. The analysis scans 63 distinct HNL mass hypotheses in the range 95–126 MeV/c2, assuming a lifetime exceeding 50 ns. The observed data are consistent with the background-only hypothesis across the entire mass range, resulting in upper limits on the mixing matrix element |Ue4|2 at the 90% confidence level of the order of 10−8. The same analysis framework was applied to perform studies of the Rπ ratio (Γ(πe2)/Γ(πμ2)) using the common event sample, where both decay modes are identified via their characteristic decay signatures. This work provides a statistical benchmark of the measurement precision; the computed ratio, considering only statistical uncertainties, establishes the intrinsic statistical resolution of the dataset pending future systematic evaluation. Wed, 26 Aug 2026 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10071 2026-08-26T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10053 Detección automática de ciclos respiratorios con sibilancias empleando representaciones tiempo-frecuencia clásicas y de alta resolución Córdova Martinez, Amaranta Perla Los sonidos respiratorios (SR) digitalizados proveen información importante, para aplicaciones como la detección automática de sonidos, que puede auxiliar en el diagnóstico de patologías. Uno de los SR adventicios continuos comunes es la sibilancia, la cual está correlacionada con enfermedades como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC). En las últimas décadas, se han realizado esfuerzos para detectar automáticamente las sibilancias en los SR, e.g., mediante análisis de representaciones tiempo-frecuencia (time-frequency representations, TFR) clásicas como el espectrograma, el cual permite la visualización de cambios instantáneos en la frecuencia a lo largo del tiempo. Sin embargo, debido a sus características y a las limitaciones de las TFRs empleadas anteriormente, la detección de sibilancias aún presenta áreas de oportunidad. En este trabajo, proponemos realizar la detección de SR normales y SR que contienen sibilancias empleando cuatro distintas TFR: 1) Espectrograma (Spectrogram, SP), 2) Espectro de Hilbert-Huang (Hilbert-Huang spectrum, HHS), 3) Transformada Synchrosqueezing (Synchrosqueezing transform, SST) y 4) Distribución Wigner-Ville (Wigner-Ville distribution, WVD), así como una red neuronal convolucional pre-entrenada, GoogleNet, mediante transferencia de aprendizaje. El método propuesto fue evaluado en una base de datos pública denominada ICBHI Challenge 2017, la cual está compuesta por 920 sonidos respiratorios adquiridos de 126 participantes. La base de datos contiene 6898 ciclos respiratorios que incluyen sibilancias, crepitancias o una combinación de ambos, además de ciclos sin sonidos adventicios. En esta tesis, el método propuesto fue evaluado empleando 575 ciclos respiratorios que contienen sibilancias, pertenecientes a 45 pacientes, y 575 ciclos respiratorios normales, de 44 sujetos. El mejor resultado experimental alcanzó una precisión de 0.880, exactitud de 0.872 y sensibilidad de 0.860 para el conjunto de validación empleando el método SP. Así como una precisión de 0.666, exactitud de 0.705 y sensibilidad de 0.823 para el conjunto de prueba al aplicar el método SST. Al evaluar el conjunto de validación, el HHS obtuvo 0.779 de exactitud, 0.790 de sensibilidad, 0.767 de especificidad y 0.772 de precisión. Mientras que la WVD alcanzó 0.830 de exactitud, 0.833 de sensibilidad, 0.827 de especificidad y 0.828 de precisión con el mismo conjunto. Al comparar este desempeño con los reportados en la literatura, se encontró que los resultados obtenidos son por lo menos comparables con aquellos indicados en la mayoría de los trabajos del estado del arte. Consideramos que los resultados de esta tesis son prometedores en el área de detección de ciclos respiratorios con sibilancias en comparación con los procedimientos actuales y parecen apuntar a que las TFR de alta resolución, en especial la SST, es un buen contendiente contra el método tradicional, SP, y su implementación en un sistema posterior puede apoyar al diagnóstico de enfermedades respiratorias obstructivas.; Digitized respiratory sounds (RS) provide important information for applications such as automatic sound detection, which can assist in the diagnosis of pathologies. One of the common continuous adventitious RS is wheezing, which is correlated with diseases such as asthma and chronic obstructive pulmonary disease (COPD). In recent decades, efforts have been made to automatically detect wheeze in RS, e.g., through analysis of classical time-frequency representations (TFR) such as the spectrogram, which allows the visualization of instantaneous changes in frequency over time. However, due to its characteristics and the limitations of the TFR previously used, wheeze detection still presents areas of opportunity. In this work, we propose to perform the detection of normal RS and RS containing wheeze using four different TFRs: 1) Spectrogram (SP), 2) Hilbert-Huang Spectrum (HHS), 3) Synchrosqueezing Transform (SST) and 4) Wigner-Ville Distribution (WVD), as well as a pre-trained convolutional neural network, GoogleNet, through transfer learning. The proposed method was evaluated on a public database called ICBHI Challenge 2017, which is composed of 920 respiratory sounds acquired from 126 participants. The database contains 6,898 respiratory cycles that include wheeze, crackles, or a combination of both, as well as cycles without adventitious sounds. In this thesis, the proposed method was evaluated using 575 respiratory cycles containing wheezes, belonging to 45 patients, and 575 normal respiratory cycles, from 44 subjects. The best experimental result reached a precision of 0.880, accuracy of 0.872 and sensitivity of 0.860 for the validation set using the SP method. As well as a precision of 0.666, accuracy of 0.705 and sensitivity of 0.823 for the test set when applying the SST method. When evaluating the validation set, HHS method scored 0.779 for accuracy, 0.790 for sensitivity, 0.767 for specificity, and 0.772 for precision. While the WVD achieved 0.830 accuracy, 0.833 sensitivity, 0.827 specificity and 0.828 precision with the same set. When comparing this performance with those reported in the literature, it was found that the results obtained are at least comparable with those indicated in most state of-the-art works. We consider that the results of this thesis are promising in detection of respiratory cycles containing wheeze compared to traditional procedures and seem to point to high-resolution TFR, especially SST, being a good contender against the current method. SP, and its implementation in a subsequent system can support the diagnosis of obstructive respiratory diseases. Thu, 01 Feb 2024 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10053 2024-02-01T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10050 Estimación de la frecuencia respiratoria instantánea mediante representaciones tiempo-frecuencia de señales de fotopletismografía de imagen Morales Lugo, Susana La frecuencia respiratoria (respiratory rate, RR) es un signo vital básico que refleja el estado de salud del sistema cardiorrespiratorio y que tiene importancia en eventos clínicos y enfermedades como el asma, hipoventilación, taquipnea, arrestos cardiopulmonares, entre otros. Con el objetivo de obtener una medición sencilla, económica y fiable de la RR, se han investigado diversas estrategias, entre ellas el uso de técnicas de análisis tiempo-frecuencia en series de tiempo de la variabilidad del pulso cardiaco, provenientes de señales de fotopletismografía de imagen (imagephotoplethysmography, iPPG). Algunas de estas técnicas son el espectrograma, la transformada synchrosqueezing basada en Fourier (Fourier-based synchrosqueezing transform, FSST), el escalograma y el espectro Hilbert-Huang. En todos los casos, los resultados de estas técnicas son imágenes, denominadas representaciones tiempo-frecuencia (time-frequency representations, TFR), las cuales dependen de diversas variables. Sin embargo, el procedimiento de selección de los parámetros que se usan no siempre es detallado o metodológico. En este trabajo de tesis se propone una metodología para que las TFR sean evaluadas utilizando señales respiratorias sintéticas de maniobras respiratorias, empleando diferentes parámetros para encontrar cuales de estos logran el mejor rendimiento para estimar la RR instantánea. Después, se aplican los mejores parámetros, resultantes para cada TFR, a series temporales de frecuencia de pulso derivadas de señales de iPPG, adquiridas previamente en voluntarios sanos por el grupo de trabajo, en la modalidad de contacto. Finalmente, se hace una comparación y análisis estadístico del desempeño de la estimación con las diversas TFR en términos de su error absoluto promedio (mean absolute error, MAE), raíz del error cuadrático medio (root mean square error, RMSE) e índice de correlación cruzada. Utilizando los parámetros seleccionados, se obtuvo un RMSE promedio de 0.127 respiraciones por minuto (breaths-per-minute, bpm) mediante la FSST, en la maniobra respiratoria constante a 6 bpm, de hasta 2.951 bpm en una maniobra con cambios repentinos en la frecuencia con el espectrograma, de 2.394 para una maniobra después del ejercicio con la FSST y de 1.621 bpm en la maniobra espontanea con el espectrograma. Los resultados resaltan la relevancia de una adecuada selección de los parámetros de las TFR cuando se emplean para la estimación de la RR instantánea a partir de los registros de iPPG.; Respiratory rate (RR) is a basic vital sign reflecting the health status of the cardiorespiratory system and is relevant in clinical events and diseases such as asthma, hypoventilation, tachypnea, cardiopulmonary arrests, among others. In order to obtain a simple, economical and reliable measurement of RR, several strategies have been investigated, including the use of time-requency análisis techniques to time series of heart rate variability extracted from image photoplethysmography (iPPG) signals. Some of these techniques include the spectrogram, Fourier-based synchrosqueezing transform (FSST), scalogram, and Hilbert-Huang spectrum. In any case, the results of these techniques are images, called time-frequency representations (TFRs), which depend on diverse variables. However, the procedure for selecting their parameters is not always detailed or methodological. In this thesis, a methodology is proposed to evaluate time-frequency representations using synthetic respiratory signals emulating respiratory maneuvers, while using different parameters to find which of these achieve the best performance to estimate instantaneous RR. Then, the TFRs computed using the selected parameters are applied to pulse rate time series derived from contact-based iPPG signals previously acquired from healthy volunteers by our research group. Finally, a comparison and statistical analysis of the performance of the estimation with the various TFRs is made in terms of their mean absolute error (MAE), root mean square error (RMSE) and cross-correlation index. Using the selected parameters, an average RMSE of 0.127 breaths-per-minute (bpm) was obtained by the FSST, in the constant breathing maneuver at 6 (breaths-per-minute) bpm, up to 2.951 bpm in a maneuver with sudden changes in frequency with the spectrogram, 2.394 bpm for a post-exercise maneuver with the FSST and 1.621 bpm in the spontaneous maneuver with the spectrogram. The obtained results highlight the relevance of an adequate selection of the parameters of the TFR when they are used for the estimation of the instantaneous RR from iPPG data. Sat, 01 Feb 2025 00:00:00 GMT https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10050 2025-02-01T00:00:00Z