https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/5027 2026-07-13T22:25:46Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/10020 Circuitos de regulación genética asociados con la diferenciación celular jerárquica: exploración en modelos de sistemas biológicos Guerrero Vaca, Adrián Chárbel La diferenciación celular es un proceso que llevan a cabo los organismos eucariotas multicelulares, el cual permite que alcancen un nivel de organización complejo y que puedan llevar a cabo las distintas funciones que necesitan. Debido al gran número de factores que intervienen en este proceso y a que su explicación implica estudiar también su evolución, aún hay muchas preguntas que faltan por responderse sobre este mecanismo (Roy y Kundu, 2014). Recientemente, se han explicado ciertas cuestiones en lo que respecta a evolución y desarrollo de los seres vivos, gracias al estudio de las redes de regulación genética. Estas redes, dinámicas por naturaleza, han ayudado a entender cómo es que, a pesar de que en esencia todas las células de un organismo tienen los mismos genes, se llega a la construcción de un organismo diferenciado y con un fenotipo único (Wuensche, 1998). En las redes de regulación genética existen ciertos estados estables de actividad genética, llamados atractores, que pueden corresponder con los distintos tipos celulares que existen en algún organismo (Wuensche, 2002). A partir de los atractores de una red de regulación genética se pueden construir “redes de diferenciación”, las cuales contienen los atractores de la red (nodos) y las posibles transiciones que existen entre ellos (interacciones), a partir de someterlos a perturbaciones. Construir y analizar estas redes de diferenciación puede responder preguntas acerca de los caminos especı́ficos que siguen los organismos en su desarrollo, ası́ como explicar el verdadero potencial de especialización de distintos tipos celulares (Wagner y Klein, 2020). Además, podrı́a explicar por qué siempre o no se cumplen de lleno las rutas de los árboles de diferenciación, es decir, cuándo suceden eventos de desdiferenciación o caminos del desarrollo distintos a los que se observan usualmente en los organismos y por qué (Gordon y Gordon, 2019). En este proyecto estudié algunas propiedades estructurales de redes de diferenciación obtenidas a partir de redes de regulación genética, utilizando simulación en computadora. Intenté responder por qué los procesos del desarrollo siguen las rutas caracterı́sticas que se observan en la naturaleza y si las redes que corresponden a sistemas biológicos muestran propiedades estructurales diferentes en comparación a redes aleatorias. A su vez, el obtener un modelo de redes de diferenciación que permita conocer las razones detrás del potencial del desarrollo de los distintos tipos celulares puede ser un punto de partida fundamental para comprender mejor cómo evoluciona el desarrollo en los organismos (Kishi y Parker, 2021; Parker, 2024). Para lograr todo esto, recopilé más de 50 modelos de redes regulación genética del desarrollo, incluyendo modelos dinámicos con reglas lógicas y modelos estáticos. Realizado esto, para cada uno de los modelos dinámicos, obtuve su respectiva red de diferenciación celular y medı́ algunas de sus propiedades estructurales. La construcción de las redes de diferenciación estuvo limitada por qué tan fielmente los modelos originales representan los procesos reales y por las suposiciones de este enfoque que me obligaron a descartar múltiples modelos. Por lo tanto, los resultados que se presentan a continuación respecto a esa parte del trabajo deben ser tomados precavidamente. Entonces, busqué atributos topológicos en los modelos estáticos de redes de regulación genética que estuvieran relacionados con su tendencia a formar redes de diferenciación jerárquicas, una condición que aquı́ llamaré identidad jerárquica. Puedo destacar que en más de la mitad de modelos dinámicos estudiados, las redes de diferenciación celular presentan un comportamiento jerárquico. Asimismo, al ponderar la probabilidad de transiciones entre los atractores de las redes, encuentro que existe una tendencia a que ocurran de manera que las redes sean jerárquicas. Además, al explorar la topologı́a de todos los modelos seleccionados encontré que las redes en la naturaleza presentan estos atributos con mayor frecuencia de manera significativa respecto a muestreos de redes aleatorias. Esto lleva a pensar que la presencia de identidad jerárquica en las redes de regulación genética de diferenciación celular es un patrón estructural relevante para dictaminar si los caminos de diferenciación son irreversibles o no. Sin embargo, dadas las limitaciones que se describen más adelante, aún quedan incógnitas que responder respecto a por qué los organismos conservan y favorecen estas estructuras, ası́ como abordar algunos problemas que detecté, lo que permitirı́a pulir este enfoque. Los resultados del análisis topológico de las redes de regulación genética están siendo utilizados para la elaboración de un artı́culo, actualmente en preparación (Meraz-Segura et al., 2026). 2026-06-06T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9632 Implementación de lesiones axonales para su posible reparación usando nanotubos de carbono Herrera Buenrostro, Daniela Existen diversas enfermedades neurodegenerativas, así como distintos traumatismos, que pueden causar una variedad de lesiones axonales, entre las que podemos encontrar las lesiones axonales difusas y las lesiones axonales traumáticas, que se caracterizan por una ruptura de los microtúbulos contenidos en los axones y la posterior interrupción de la comunicación entre neuronas (sinapsis). Hoy en día se han realizado diversos estudios que proponen a los nanotubos de carbono (CNT) como un material potencial para reparar lesiones en neuronas al utilizarse como andamio para unir los fragmentos del axón lesionado, sin embargo, no suelen evaluarse los impactos biológicos ni los efectos sobre la capacidad de migración y adhesión celular, lo cual está lejos de tener una aplicación clínica. Además, el desarrollo de un sustrato eficaz que funcione como andamio sigue siendo un área de investigación activa. Por lo que la presente investigación pretende estandarizar las lesiones axonales in vitro para poder llevar a cabo a futuro la reparación de éstas utilizando CNT como andamio. 2025-12-11T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9630 Análisis de S100A9 en viabilidad, proliferación y migración dependiente de la expresión de RB en H1299 Niño Ornelas, Nathaniel Atalasis El Retinoblastoma es un cáncer infantil causado por una mutación en el gen RB1, que desregula la actividad de la proteína RB, la cual está implicada en el correcto funcionamiento del ciclo celular. Mutaciones en RB1 ocasionan la formación de retinomas y eventualmente, la proliferación descontrolada de células en la retina. La forma más común de detección de tumores de Retinoblastoma es mediante la presencia de un reflejo blanco en el ojo (leucocoria) y en algunos casos, el estrabismo. Esta forma de diagnóstico generalmente implica una detección tardía del cáncer y, por lo tanto, un aumento del riesgo de invasión incurable del ojo, pérdida de la vista o incluso la muerte. Nuestro grupo de investigación observó un perfil proteómico en lágrimas de pacientes diagnosticados con Retinoblastoma que se comparó con un grupo control. Después de realizar análisis bioestadísticos y bioinformáticos, se detectó un grupo de proteínas estadísticamente relevantes que presentan una sobreexpresión en lágrimas de pacientes de Retinoblastoma. Estas proteínas se consideran potenciales biomarcadores y blancos terapéuticos, además de que su estudio nos puede ayudar a comprender los mecanismos subyacentes al desarrollo de Retinoblastoma u otros tipos de cáncer. Se seleccionó S100A9 de este grupo de proteínas desreguladas, la cual se ha reportado como potencial biomarcador diagnóstico y de pronóstico en diferentes tipos de cáncer. En este trabajo se analizó el papel de S100A9 en procesos de viabilidad, proliferación y migración celular en un modelo de carcinoma pulmonar H1299 con y sin la expresión de RB. Se diseñaron y validaron oligonucleótidos para amplificación y clonación del gen humano S100A9, confirmando su correcta inserción en un plásmido recombinante y su expresión en células H1299 mediante Western Blot y qPCR. La transfección transitoria y la generación de líneas estables mostraron que la expresión de S100A9 se incrementa proporcionalmente a la cantidad de plásmido transfectado, con un efecto diferencial entre células WT y RB -/-. Los ensayos de viabilidad con tinción violeta revelaron una disminución significativa del número de colonias al aumentar los niveles de S100A9, mientras que la sobreexpresión favoreció la proliferación, confirmada por ensayos colorimétricos de resazurina. En los ensayos de migración, el aumento de S100A9 no modificó el comportamiento de células H1299 WT, pero la ausencia de RB potenció la migración celular. En conjunto, los resultados sugieren que la sobreexpresión de S100A9, junto con la pérdida de RB, podría contribuir a un fenotipo maligno caracterizado por mayor proliferación y capacidad migratoria, lo que aporta evidencia al posible rol de S100A9 como un biomarcador y modulador de la oncogénesis en retinoblastoma.; Abstract: Retinoblastoma is a pediatric cancer caused by a mutation in the RB1 gene, which leads to deregulation of the Rb protein, a key player in the proper control of the cell cycle. Mutations in RB1 result in the formation of retinomas and, eventually, the uncontrolled proliferation of retinal cells. The most common method for detecting Retinoblastoma tumors is through the appearance of a white reflex in the eye (leukocoria), and in some cases, strabismus. This method of diagnosis typically indicates a late detection of the cancer, which increases the risk of irreversible ocular invasion, vision loss, or even death. Our research group identified a proteomic profile in the tear fluid of patients diagnosed with Retinoblastoma, compared to a control group. After conducting biostatistical and bioinformatic analyses, a set of statistically significant proteins was found to be overexpressed in the tears of Retinoblastoma patients. These proteins may represent potential biomarkers and therapeutic targets, and their study may help elucidate the mechanisms underlying the development of Retinoblastoma or other types of cancer. From this group of deregulated proteins, S100A9 was selected. This calcium-binding protein has been reported as a potential diagnostic or prognostic biomarker in various cancers. This study investigated the role of S100A9 in cell viability, proliferation, and migration using the H1299 non-small cell lung carcinoma model with and without RB expression. Specific oligonucleotides were designed and validated for amplification and cloning of the human S100A9 gene, confirming its correct insertion into a recombinant plasmid and its expression in H1299 cells by Western blot and qPCR. Transient transfection and the generation of stable cell lines demonstrated that S100A9 expression increases proportionally with the amount of transfected plasmid, with differential effects between WT and RB-/- cells. Colony formation assays with crystal violet staining showed a significant decrease in viability under increasing S100A9 expression. Overexpression of S100A9 also affected cell proliferation, further confirmed by resazurin-based assays. Migration experiments revealed that increased S100A9 did not alter the behavior of H1299 WT cells but enhanced migratory capacity in RB knockout cells. Altogether, these findings suggest that S100A9 overexpression, together with RB loss, may contribute to a malignant phenotype characterized by enhanced proliferation and migration, supporting the potential role of S100A9 as a biomarker and modulator of oncogenesis in retinoblastoma. 2025-11-28T00:00:00Z https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9599 Estudio de las interacciones proteína-RNA de MDM2 con p53 y Rb usando un sistema de inmovilización en sílice Olmos Sánchez, Isaí MDM2 es una proteína muy conservada porque al haber daño participa en la traducción no canónica de los supresores tumorales p53 y Rb, esenciales para regular el ciclo celular. En la literatura se ha caracterizado la interacción proteína-RNA de MDM2 con p53 y en paralelo a este trabajo se explora con el RNA de Rb. Esta investigación nace del interés en el comportamiento de MDM2 hacia los dos RNAs porque hipotetizamos una interacción simultánea. Nuestra propuesta de estudio es una inmovilización de RNAs en sílice funcionalizada y durante el desarrollo del proyecto nos enfocamos en la unión de cada RNA con MDM2. En este trabajo se produjeron proteínas recombinantes de MDM2 y se generaron RNAs de diferentes largos de p53 y Rb. Con estas biomoléculas se implementaron los ensayos ELISA y EMSA para estudiar la interacción de Rb con MDM2, con controles positivos como p53. En la EMSA se estandarizaron las condiciones para visibilizar la proteína y los RNA, y así comparar la migración de cada molécula. Como resultado se obtuvo que los 507 primeros ribonucleótidos de Rb son necesarios para la interacción in vitro con la fosfoproteína MDM2 S395D, especialmente los 265 ribonucleótidos del 5´UTR ya que un transcrito sin esta región carece de la unión, un comportamiento reportado previamente en células con la técnica PLA. 2025-10-01T00:00:00Z