https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/5032 2026-05-15T09:25:14Z 2026-05-15T09:25:14Z Ramírez Medrano, Santino Ernesto https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9934 2026-05-05T18:04:49Z 2026-05-13T00:00:00Z

A study on combinatorics of link projections: regular projections of the link L6N1 and prolificity of arrangements of pseudocircles Ramírez Medrano, Santino Ernesto The relationship between a link embedded in the 3-sphere and its planar projection (or shadow) is a central subject in knot theory. This thesis investigates two distinct facets of this relationship. First, we address the characterization problem: for a particular link L, a fundamental problem consists of characterizing the exact set of shadows that are projections of L. While this question has been resolved for links with small crossing numbers, we extend this inquiry to the 3-component prime link L6n1. This work provides a complete characterization: any 3-component link projection is in fact a projection of L6n1 under the necessary and sufficient condition that its components intersect pairwise. This is achieved through the identification and analysis of reduction operations that simplify projections while preserving key properties, ultimately characterizing the irreducible projections of L6n1. Second, we explore the prolificity of shadows: what is the total number of distinct links that can be obtained from a particular shadow? We focus specifically on shadows formed by arrangements of pseudocircles (collections of Jordan curves that pairwise intersect exactly twice) and restrict our analysis to the realization of positive oriented links. We establish precise asymptotic bounds for the number of distinct positive oriented links that can be obtained over the three unavoidable classes of pseudocircle arrangements: the ring Rn, the boot Bn, and the flower Fn. We demonstrate that the number of such links, relative to the total number of possible positive realizations (2n), behaves asymptotically as 1/4 for Rn, 1 for Bn, and 1/ (2n) for Fn.

2026-05-13T00:00:00Z Muñiz Luna, Julio Alberto https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9637 2025-12-02T18:24:12Z 2025-12-08T00:00:00Z

Propuesta de inhibidores químicos que compiten con la unión de las subunidades de la RNA polimerasa II a las GTPasas esenciales Npa3 y Gpn1 Muñiz Luna, Julio Alberto Las proteínas Gpn1, Gpn2 y Gpn3 son miembros de la familia de GTPasas GPN; Npa3 en la levadura Saccharomyces cerevisiae es el ortólogo de Gpn1 humana. Estas proteínas desempeñan un papel crucial en el ensamble y en la acumulación nuclear de la RNA polimerasa II (RNAPII), funcionando como chaperonas moleculares. Las estructuras cristalográficas de Npa3 revelan conformaciones abiertas y cerradas, dependiendo del nucleótido de guanina unido (GMPPCP, un análogo no hidrolizable del GTP, o GDP, respectivamente). La conformación abierta de Npa3 posee una cavidad hidrofóbica que es sugerida como esencial para el reconocimiento y la unión de subunidades de la RNAPII durante su biogénesis; sin embargo, aún no se dispone de datos estructurales sobre estos complejos. En este trabajo, se generaron modelos in silico de las interacciones entre la estructura cristalográfica de Npa3 monomérica en su conformación abierta y péptidos de la RNAPII de levadura que se han demostrado experimentalmente interactúan con Npa3, generados mediante acoplamiento computacional flexible. Con la finalidad de identificar inhibidores de estas interacciones, potencialmente útiles para comprender las funciones moleculares y celulares de estas proteínas, se realizaron experimentos de acoplamiento molecular utilizando una biblioteca diseñada de compuestos aprobados por la FDA, tanto en la estructura experimental de Npa3 como en un modelo por homología de Gpn1 humana. Se identificaron, tras una optimización por acoplamiento flexible, como potenciales inhibidores competitivos el fármaco atovacuona para Npa3 y Gpn1 (energías de afinidad de −14,4 y −13,5 kcal/mol, respectivamente) y tibolona para Npa3 (−13,6 kcal/mol). Además, nuestros modelos de acoplamiento sugieren residuos clave en Npa3, como F143 y W179, que pueden ser fundamentales para el reconocimiento tanto de las subunidades de la RNAPII como de los fármacos. En el futuro, estudios bioquímicos y de mutagénesis sitio dirigida podrán aportar evidencia funcional sobre su efecto en la biogénesis de la RNAPII.

2025-12-08T00:00:00Z Hernández Meza, Juan Manuel https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9590 2025-10-09T14:50:26Z 2020-12-10T00:00:00Z

Influencia de polímeros biomiméticos del glucocálix en el movimiento browniano de partículas coloidales Hernández Meza, Juan Manuel Las interacciones de partículas con membranas celulares desempeñan un papel importante en diversas aplicaciones biomédicas y biotecnológicas. Entre los principales ejemplos se encuentran la administración de medicamentos y quimioterapia a través de nanoportadores, la fototerapia dirigida y los biosensores. Por otro lado, un aspecto fundamental en los sistemas de materia blanda, tanto desde el punto de vista fundamental como del tecnológico, es la capacidad de determinar el potencial de interacción de las diferentes especies en el sistema. En este trabajo se reportan los potenciales de interacción y los componentes del coeficiente de difusión a bajas fuerzas iónicas y concentraciones muy diluidas de partículas de poliestireno de 1μm que difunden por encima del vidrio desnudo, el vidrio recubierto con polielectrolitos o el vidrio recubierto con una monocapa de fosfolípidos. Ya que las partículas son esferas de poliestireno (PS) con una densidad de carga diferente de cero en sus superficies, los sistemas partículas/superficies considerados aquí pueden ser vistos como un modelo simplificado de dominios proteicos o membranas celulares teniendo interacciones no específicas con las paredes. Para determinar los coeficientes de difusión de partículas, se reconstruyeron las trayectorias de las partículas en 3D analizando las imágenes de las partículas difractadas (función de difusión puntual) junto con el uso de técnicas convencionales de vídeo-microscopía. Con las trayectorias tridimensionales se calcularon los perfiles de potenciales de interacción entre las partículas y la pared y los componentes del coeficiente de difusión 𝐷𝑥 , 𝐷𝑦 y 𝐷𝑧, en función de la distancia entre las partículas y la pared 𝑧. Los potenciales de interacción se obtuvieron mediante la adquisición de los histogramas de altura de las partículas en relación con una pared horizontal, seguido de una interpretación adecuada y ajustada a la correspondiente curva de inversión de Boltzmann. Encontramos coeficientes de difusión de partículas más pequeños a distancias cortas y largas de la pared en comparación con las predicciones hidrodinámicas teóricas. Estas desviaciones se interpretaron como un aumento aparente de la viscosidad del medio. Estos resultados se comparan con varias aproximaciones asintóticas desarrolladas en las teorías relacionadas con el efecto electroviscoso y el deslizamiento parcial y cuyos efectos producen desviaciones de las conocidas fórmulas hidrodinámicas del Brenner. Por otro lado, una importante contribución de nuestro estudio en relación con la literatura anterior consistió en demostrar que 〈𝑧〉 también puede cambiar debido a las variaciones de la longitud gravitatoria, lg=kBT/mg, es decir, debido a la transferencia de masa entre las partículas y las paredes funcionalizadas. En conclusión, los bajos niveles de sal exacerbaron los llamados efectos electroviscosos, restringiendo los coeficientes de difusión por debajo de los valores predichos por la teoría hidrodinámica estándar, tanto a corta como a larga distancia de la pared. Estos resultados fueron comparados a una teoría simplificada o a una elaborada para los EVE. Esta comparación produjo valores de conductividad del mismo orden de magnitud que los encontrados en las mediciones estáticas independientes. Además demostramos que la técnica de videomicroscopía utilizada aquí en combinación con el tamaño de la partícula elegida permite el rastreo de esferas micro-tamaño a distancias de varios diámetros de partícula por encima de la pared, lo que hace que la determinación de la longitud gravitatoria (peso de la partícula) se más precisa.

2020-12-10T00:00:00Z Avilés Sánchez, Juan Carlos https://repositorioinstitucional.uaslp.mx/xmlui/handle/i/9516 2025-08-15T18:15:31Z 2025-08-01T00:00:00Z

A theoretical approach to structural and dynamical properties of ionic liquids Avilés Sánchez, Juan Carlos Los líquidos iónicos (ILs) a temperatura ambiente son sustancias formadas completamente por iones, usualmente grandes cationes orgánicos combinados con aniones orgánicos o inorgánicos, con puntos de fusión por debajo de 100 °C. Desde el primer IL reportado en 1914, estos compuestos han sido objeto de amplia investigación debido a sus propiedades físico-químicas únicas, como baja volatilidad, alta conductividad iónica y estabilidad térmica, así como su gran diversidad estructural. Esta tesis evalúa la validez de un marco teórico basado en la ecuación de Langevin generalizada auto-consistente (SCGLE) aplicado al modelo primitivo de líquidos iónicos, comparando sus predicciones con simulaciones de dinámica molecular de todos los átomos. Un aspecto clave es el comportamiento vítreo que presentan los ILs a temperatura ambiente, incluyendo la aparición de estados parcialmente arrestados donde un tipo de ion queda inmovilizado mientras el otro permanece móvil, un fenómeno influenciado por la asimetría de tamaño y carga entre iones. Estos estados son similares a los observados en materiales superiónicos usados en baterías. Se realizaron simulaciones moleculares en una serie de ILs basados en imidazolium con el anión tetrafluoroborato, para estudiar cómo la flexibilidad de los cationes afecta sus propiedades estructurales y dinámicas. En particular, se observa que en el sistema EMI$^+$BF$_4^-$ el anión queda inmovilizado mientras el catión permanece fluido, validando predicciones del modelo teórico. Este trabajo busca avanzar en la comprensión fundamental del comportamiento dinámico de líquidos iónicos y su transición vítrea, con potenciales aplicaciones en materiales conductores a temperatura ambiente.; Room-temperature ionic liquids (ILs) are substances composed entirely of ions, typically large organic cations paired with organic or inorganic anions, with melting points below 100 °C. Since the first reported IL in 1914, they have been extensively studied due to their unique physicochemical properties such as low volatility, high ionic conductivity, and thermal stability, as well as their vast structural diversity. This thesis evaluates the validity of a theoretical framework based on the Self-Consistent Generalized Langevin Equation (SCGLE) applied to the primitive model of ionic liquids, by comparing its predictions with all-atom molecular dynamics simulations. A key feature of ILs is their glassy behavior at room temperature, including the presence of partially arrested states where one ion species becomes immobilized while the other remains mobile, a phenomenon driven by size and charge asymmetry between ions. Such states resemble those observed in superionic materials used in battery technologies. Molecular dynamics simulations were performed on a series of imidazolium-based ILs with the tetrafluoroborate anion to investigate the influence of cation flexibility on their structural and dynamic properties. In particular, the EMI$^+$BF$_4^-$ system exhibits immobilization of the anion while the cation remains fluid, confirming theoretical model predictions. This work aims to deepen the fundamental understanding of ionic liquids’ dynamic behavior and glass transition, with potential applications in room-temperature conductive materials.

2025-08-01T00:00:00Z